北京南站地下一层换乘大厅和二层候车大厅均设有人工和自助售票系统，有售票厅4个，自动售(取)票机88台。二层候车厅有1号售票厅可进行人工售票，2号售票厅暂时关闭；地下一层有3号售票厅可进行人工售票，4号售票厅已暂时关闭。
1号售票厅有公安制证窗口；1号、3号售票厅集合了改签、退票、中铁银通卡及值班主任窗口。
