北京北站整体进站流线地下和地面层进站，地下层东西两端出站，随着市郊怀密线的接入，西出站厅还将成为S5线旅客的进站厅。旅客进站后凭有效身份证件原件刷闸机进站，无法出示有效身份证件原件的旅客，需到公安制证口办理《乘坐旅客列车临时身份证明》，持有其他证件的旅客通过人工通道进站。
旅客通过闸机后需经过安检，需购票的旅客可以直接根据引导标识到一层售票厅购买车票。一层售票厅设置9个人工窗口（其中包括一个公安制证窗口）。
北京北站全面实行电子客票，购票后凭有效身份证件即可直接"刷证"通过检票闸机乘车。符合购买学生票、残疾军人票条件的旅客，乘车前应携带身份证、残军证、学生证（包括优惠卡）,到车站指定售票窗口或自助售票机办理本人居民身份证件与学生优惠卡或残疾军人优惠证件的优惠资质绑定核验手续（学生票需每学年乘车前办理一次），优惠资质绑定成功后即可"刷证"通过检票闸机乘车。