进站：地铁、社会车辆（停放于地下停车场）方式进站旅客，从地下一层快速进站厅（启动时间以北京南站发布为准）检票进站或从南北两侧电梯到二层候车厅检票进站；公交、出租车及社会车辆（停放于外围道路）、步行方式进站旅客，从一层南、北进站口通过电梯到二层候车厅检票进站；出租车及社会车辆（停放于二层落客平台）方式进站旅客，从东、西进站口直接进入二层候车厅检票进站；北京南站北广场新增设巡游出租车落客区，旅客乘坐出租车到达后，步行从北进口进站。
自2019年9月28日0时起，北京南站实行实名验证进站，旅客进站时需携带好身份证件进行身份核验。目前北京南站实施电子客票业务。
出站：出站旅客从站台下行至地下一层出站口出站，地下一层大厅有地铁、出租车调度站、社会车辆（地下停车场）等离站方式；北京南站北广场也设有出租车调度站，旅客从北京南站北出口出来后，在西侧调度站乘坐出租车离站；旅客也可前往南、北公交枢纽乘公交离站。另根据客流情况，站区适时启动地铁延时、高铁快巴、免费摆渡车等运力保障措施。
