北京通州站坐落于北京城市副中心综合交通枢纽（以下简称“副中心枢纽”）内，站中心里程为 DK24+560，下行方向燕郊站，站间距为 11.27km。本站按业务性质为客运站。
开通初期，北京通州站将开行唐山站、秦皇岛站、北辰站（天津）等方向的旅客列车，后续将根据客流量动态调整运力配置，精准匹配区域出行需求。
副中心枢纽是《北京城市总体规划（2016年-2035年）》中明确的10个全国客运枢纽之一，位于北京城市副中心核心区0101街区，西起北运河东岸，东至东六环外路县故城遗址区，北起通州站后街，南至杨坨中路、通州站南街，北运河与运潮减河之间。是“轨道上的京津冀”的重要节点。
开通初期接驳方式：
副中心枢纽构建了以公共交通为主、多种方式互补的立体接驳体系。
轨道交通：换乘地铁6号线。
公交：优化调整8条线路（包括新开2条定制公交），覆盖中心城和通州老城区、“三大建筑”、环球度假区、重点医院等商、文、旅、医、居区域。
机场巴士：开通2条班线，分别前往首都机场和大兴机场，满足陆空中转的旅客需求。
出租车：设有出租车调度站2个（东、西接驳场B2层各设1个，总车位277个）。
网约车：设有网约车接驳区2个（东、西接驳场B2层各设1个，总车位181个）。
私家车：社会停车场东区提供车位220个，西区提供车位660个。
非机动车：在枢纽周边施划多个停放区，有1500-1800个非机动车（含共享单车）停车位。
北京通州站地区临时范围
1.地下管理范围
为便于统筹保障旅客出行，将枢纽地下三层全部空间纳入管理范围。规划建筑面积约128万平方米，主要为城际车站、接驳场站、轨道交通、公共服务空间、市政配套设施及综合交通枢纽配套设施。地下匝道管理范围至正负零、含出入口。
地下管理区域功能布局
2.地面管理范围
地面区域平面面积约0.33平方公里，规划建筑面积约64万平方米。
北侧：北至京哈南侧路北侧道牙（含便道）。
南侧：南至杨坨一街南侧道牙（含便道），不含枢纽工程项目03标段9至12号楼区域，以楼座结构边北侧、东侧沿线为界，向西延伸至站前路东侧道牙、向南延伸至杨坨一街北侧道牙。
西侧：西至芙蓉东路西侧道牙（含便道）。
东侧：东至东六环西侧路东侧道牙（含便道）。
地面管理区域示意图
后续随枢纽地上城市开发进展和一体化管理运营的工作需要动态优化调整。