北京通州站坐落于北京城市副中心综合交通枢纽（以下简称“副中心枢纽”）内，站中心里程为 DK24+560，下行方向燕郊站，站间距为 11.27km。本站按业务性质为客运站。
开通初期，北京通州站将开行唐山站、秦皇岛站、北辰站（天津）等方向的旅客列车，后续将根据客流量动态调整运力配置，精准匹配区域出行需求。
副中心枢纽是《北京城市总体规划（2016年-2035年）》中明确的10个全国客运枢纽之一，位于北京城市副中心核心区0101街区，西起北运河东岸，东至东六环外路县故城遗址区，北起通州站后街，南至杨坨中路、通州站南街，北运河与运潮减河之间。是“轨道上的京津冀”的重要节点。
开通初期接驳方式：
副中心枢纽构建了以公共交通为主、多种方式互补的立体接驳体系。
轨道交通：换乘地铁6号线。
公交：优化调整8条线路（包括新开2条定制公交），覆盖中心城和通州老城区、“三大建筑”、环球度假区、重点医院等商、文、旅、医、居区域。
机场巴士：开通2条班线，分别前往首都机场和大兴机场，满足陆空中转的旅客需求。
出租车：设有出租车调度站2个（东、西接驳场B2层各设1个，总车位277个）。
网约车：设有网约车接驳区2个（东、西接驳场B2层各设1个，总车位181个）。
私家车：社会停车场东区提供车位220个，西区提供车位660个。
非机动车：在枢纽周边施划多个停放区，有1500-1800个非机动车（含共享单车）停车位。