北京城市副中心站位于北京市通州杨坨地区，六环以西，芙蓉东路以东，北运河与运潮减河之间。站中心里程为 DK24+560，下行方向燕郊站，站间距为 11.27km。本站按业务性质为客运站。
北京城市副中心站为地下站，站坪坡度为平坡，站内正线线间距采用 4.6m。考虑所有动车在该站办理停靠或始发终到作业，正线临靠站台，车站规模按 8 台 16 线（含正线 4 条）设计，有效长度满足 650m，设中间站台 4 座。
此外，规划北京城市副中心站还引入了城际铁路联络线，站台规模4台8线。
